为了给新入鸡群在饲养过程中创造一个良好的干净舒适的环境，清除以往鸡群和外界环境中的病原体。消毒效果的好坏，直接影响到鸡群的健康，所以空置鸡舍消毒显得尤为重要。
第1天清扫
首先应清除舍内的垫草垃圾、粪便、羽毛等废弃物(可以事先用消毒液喷洒，避免病原微生物随粪尘飞扬)。并将地面、门窗、屋顶等地方的灰尘清扫干净。
第2天水洗
在水中加入碱性药物后对养殖场的墙壁、地面、笼架、用具进行清洗，使用高压水枪冲洗效果更好。尤其要注意对角落的清洗。
第3天干燥
等清洗时留下的水分干燥后再进行消毒，消毒液不被稀释，可保证消毒效果。
第4天 消毒
用消毒药喷洒或浸泡消毒用消毒药喷洒墙壁、门窗、顶棚、笼架等，料水槽能拿的可放到大容器内用1%苛性钠液或2%~3%克辽林乳剂浸泡1天，刷净，用清水冲洗干净，晾干备用；笼养的，要用消毒液反复擦洗料槽。
第5天 干燥
第6天 再消毒
为杀灭球虫卵囊，在床面、排水沟等处，追加喷洒杀球虫卵囊药物。若是遇到墙壁、地面、笼架及不怕烧的用具可以使用火焰枪对其表面进行消毒，速度为每分钟2平方米。
第7天 干燥
第8天 熏蒸消毒
一般经过15天后再检测消毒效果，用琼脂平板取菌法。确定消毒达标后做进鸡准备，开始新一轮的生产。消毒作业时，对搬出舍外的用具等，须在指定的场所进行水洗和消毒；粪便及垫料等应深埋、焚烧或发酵处理。
注意：①鸡粪和污物等有机物，有机物减弱消毒消毒，须将其清除、洗净后才能发挥后续消毒作用；
②需将舍门及其他所有缝隙封严，避免泄漏蒸气，以充分发挥福尔马林或过氧乙酸熏蒸消毒的作用。③对空闲鸡舍的消毒，有时可不必按鸡舍消毒作业程序逐项进行操作，可根据鸡舍条件、卫生状况等，适当地简化处理程序。如果是卫生防疫管理得好，没发生传染病的鸡舍，在鸡出栏后充分喷洒消毒液，放置1夜待鸡粪软化后将之清除，然后再用消毒液冲洗。晾干后对冲洗不充分的地方，再做补充消毒，放置至下次进鸡。
④使用的消毒剂不能随意混合，防止彼此会发生拮抗作用。消毒可以轮换使用，免得产生抗药性。
⑤一般熏蒸消毒后要空几天后再进鸡，如果空舍1个月以上再进鸡还要再次熏蒸消毒，用药量按一级消毒来进行。